O objetivo deste programa é o monitoramento da qualidade da água do reservatório, com a coleta de dados relativos às características físicas e químicas da água e à caracterização biológica do rio Tocantins e principais afluentes. Além disso, o programa contribui para a identificação das possíveis fontes de poluição provenientes de atividades humanas.
Os trabalhos se iniciaram ainda na fase rio, de forma a dispor de resultados que permitiriam a análise e comparação com os resultados da fase reservatório. Para a implantação deste programa foi construído um laboratório de limnologia junto à Usina, e todas as análises físicas, químicas e biológicas até o enchimento do reservatório foram realizadas pela Investco. Após a conclusão das atividades de monitoramento previstas inicialmente no programa, todos os sofisticados equipamentos adquiridos pela empresa para equipar o laboratório de limnologia foram doados à UNITINS.
Com a conclusão dos trabalhos propostos no programa e considerando a relevância de continuar o monitoramento, a Investco prossegue com a pesquisa. O Monitoramento limnológico - Fase de Operação - foi estendido durante todo o período de concessão da Usina, sendo executado em 17 pontos estratégicos do reservatório, trimestralmente, com coletas de sub-superfície e fundo.
Estas ações permitem a classificação das águas de acordo com os padrões de qualidade propostos na Resolução Conama, e contribuem com as pesquisas ictiológicas e o conhecimento científico dos ecossistemas da região, além de fornecer subsídios para os usos múltiplos do reservatório. O Programa também gera dados básicos para a avaliação do potencial de desenvolvimento de macrófitas aquáticas e para as ações de proteção dos equipamentos de geração.
De acordo com o monitoramento já realizado, considerando o critério do Índice de Qualidade da Água (IQA) adotado pela Companhia de Tecnologia de Saneamento Ambiental (CETESB) e demais organizações do setor, a qualidade da água do reservatório é considerada entre boa e ótima. Entretanto, deve ficar claro que, para o consumo humano, a água deve receber tratamento adequado pela empresa de saneamento.